Sau khi rời ngôi, cuộc đấu tranh giữa hai nhà Daikakuji và nhà Jimyōin-tō vẫn tiếp diễn ngày càng phức tạp. Sau khi Thiên hoàng Go-Fushimi của nhà Jimyōin-tō thoái vị năm 1301, nhà Daikakuji của dòng họ Thiên hoàng Go-Uda chiếm lại được ngai vị với Thiên hoàng Go-Nijō lên ngôi, giữ vững vị trí cho đến khi một người con khác của Go-Uda là Thiên hoàng Go-Daigo lên ngai vàng và thống nhất đất nước - thời Tân chính Kemmu (1331 - 1339).

Tháng 7/1324, Go-Uda qua đời ở tuổi 58[6].

Gia đình

• Consort: Horikawa (Minamoto) Motoko (堀河（源）基子)

hoàng tử cả: Thân vương Kuniharu (邦治親王) (Thiên hoàng Go-Nijō)

Consort: Itsutsuji (Fujiwara) ?? (五辻（藤原）忠子)

công chúa thứ 2: Nội thân vương?? (禖子内親王)

hoàng tử thứ 2: Thân vương ?? (尊治親王) (Thiên hoàng Go-Daigo)

hoàng tử thứ 3: Prince ?? (性円法親王) (Buddhist Priest)

hoàng tử thứ 4: Prince ?? (承覚法親王) (Buddhist Priest)

• Consort: Princess ?? (揄子女王)

công chúa cả: Nội thân vương?? (愉子内親王)

Kugyō

• Nhiếp chính: Kujō Tadaie, 1274
• Nhiếp chính: Ichijō Ietsune, 1274–1275
• Nhiếp chính: Takatsukasa Kanehira, 1275–1278
• Quan bạch: Takatsukasa Kanehira, 1278–1287
• Quan bạch: Nijō Morotada, 1287–1289
• Tả đại thần
• Hữu đại thần
• Nội đại thần
• Đại nạp ngôn

Niên hiệu

• Bun'ei (1264–1275)
• Kenji (1275–1278)
• Kōan (1278–1288)